登基之后，司邺意气风发，脑一发就不顾实际情况，竟然想当然的要号令群雄。他下了一气比天大的诏书：下令幽、并州刺史王浚、刘琨等起兵30万攻打平；令左丞相司睿带兵20万攻洛；令右丞相司保带兵30万保卫长安。

面对司邺的兵诏书，不仅远在江东的司睿毫无动静，就是近在咫尺司保也未作任何反应。不过，他这份诏书却实实在在激怒了匈皇帝刘聪。为了消灭关中晋人势力，刘聪派赵染与刘曜和司隶校尉乔智明等攻长安。

新皇司邺不过是个十二岁的孩，在其他人中也就是个小孩儿而已，就算他当上了皇帝，但各方实力派本就没将他放在里。

新皇帝司邺下的这份诏书不但把敌人吓了一大，就是自己人也被吓得不轻。明人一看都知，这完全是在虚张声势，白日梦。

再说司邺手下没有心腹，朝廷大权都在卫将军梁芬、雍州刺史麹允、冯翊太守梁纬、京兆太守索綝等人手中。

这次接到司邺的兵诏书，司睿立刻借南方未定，兵不动。在司睿的中，司邺下的皇位应该由他来继承，他才不愿意给一个小孩儿卖命。

这个在天灾、战中苟延残的长安朝廷，一开始就面临着大危机。朝廷所有车乘凑到一块，才只有四辆，朝廷官员既无官印，更无朝服，连执板也是临时锯些桑木板写上官号凑合着用。

国不可一日无君，到了四月二十七日，司业改名司邺即皇帝位，大赦天下，改年号为“建兴”，这就是历史上的晋愍帝。

祖逖的选择让司睿到分外难堪，再加上祖逖抛开琅琊王组建一支完全忠于他本人的‘祖家军’，使得琅琊王逐渐疏远了祖逖，减少了对其并不多的支持。可一心想着北伐收复失地的祖逖，此时尚未意识到他与琅琊王之间的矛盾已不可调和。

实力最的司睿心怀异心，对司邺的诏命来了个奉违，却不想很快就有人直接打了司睿的脸面，这个人就是祖逖。祖逖在徐州响应了司邺号召，准备兵北伐！

司邺见自己的诏书不但没有得到其他两位宗室藩王的响应，反而引来了匈人，顿时就想起了当初在洛时的悲惨遭遇，竟然吓得浑战栗起来。好在麴允、索綝、梁芬等人虽然能力不，但却不缺乏气节，众人皆不愿投降胡人，只好派遣军队与刘曜等人锋。

司邺虽年纪很小，可有着远大抱负。他见手中大权旁落，担心自己受人摆布，就立即下诏任命两位宗室藩王为辅政大臣即南王司保为右丞相、都督陕西诸军事；琅琊王司睿为左丞相、都督陕东诸军事。

此时，经过去年刘曜率领的匈军的洗劫，又逢天灾“关西饥馑，白骨蔽野，士民存者百无一二”，长安城内“仓库虚竭”，粮、资缺乏，满目荒凉，蒿草、荆棘遍地都是，刚当上皇帝的司邺想吃顿饱饭都成为奢望。

与此同时司邺还大封功臣，任命卫将军梁芬为司徒，雍州刺史麴允为使持节、领军将军、录尚书事，京兆太守索綝为尚书右仆。

晋怀帝的死讯，关中行台立即举行哀悼祭奠之礼。

当初拥立他当皇太的两位功臣闫鼎、贾疋早就不在了，去年贾疋在征卢胡时意外坠，被卢胡首领彭夫护所杀；而闫鼎则因争权杀死了京兆太守梁综而得罪了安定大族梁氏，被梁氏家族联合麴允赶到了雍州，后被氐人杀害。

司邺怀揣着好愿望，等着两位宗室藩王响应他的号召。但他却不知，自永嘉之发生后，西晋皇室、世族已从京师洛纷纷迁至江南，西晋中原王朝早就名存实亡。